Com esta tão esperada sequência para o criticamente aclamado e ricamente elogiado Deponia, o jogador começa o segundo round. Chaos on Deponia acaba por ser ainda mais maluco do que seu antecessor e imediatamente coloca o jogador sob o seu feitiço.

Após os acontecimentos em Deponia, parece que Rufus caiu na real. Ele cresceu prudente, cordial, amável e carinhoso, sem qualquer intenção de causar grande caos apenas para seus próprios fins egoístas. Parece que ele está longe de se amarrar em um lâmina de serra acoplada a foguetes e de treinar golfinhos-torpedos. Ou será que ...

Por acidente, Goal, divide sua consciência em três partes que são armazenada para três discos diferentes. Agora é com Rufus, mais uma vez convencer todas as três partes da Goal, utilizando seus notável charme barato, para fazê-la voltar a ser apenas uma, se aventurar por Eylsium e salvar Deponia do fim certo.