Seguindo a tradição de outros jogos de tiro 2D que se iniciou com o clássico Space Invaders, Zeit² coloca o jogador dentro de uma nave frágil e rápida, protegida por um escudo de força bastante eficiente. Porém, como energia não é algo inesgotável, cada tiro dado consome um pouco da capacidade de proteção do campo, diminuindo seu tamanho.

Colidir com inimigos ou não conseguir destruí-los a tempo também consome a energia do escudo, deixando mais próxima a destruição da nave do jogador sempre que um adversário escapa dos tiros. Acertá-los, entretanto, libera energia que é absorvida pela nave, recuperando um pouco sua integridade.

Além da flutuação constante e drástica da energia do jogador, que pode perder força de uma hora para outra se não controlar bem o uso das armas, um segundo fator torna Zeit² um dos mais criativos e inovadores jogos do gênero: a viagem temporal.

Zeit² tem oito modos de jogo diferentes, dos quais 3 foram obtidos já na demonstração (Tutorial, Arcade, Wave). O tutorial ensina os comandos básicos e o funcionamento das mecânicas de jogo, como a flutuação de energia da nave e a viagem temporal.

Já o modo Arcade é o estilo de jogo clássico, com diversas fases que são vencidas após destruir um chefão, enquanto o modo “Wave” (onda) é um teste de resistência, agilidade e habilidade que coloca sequências infinitas de inimigos para ver até onde o jogador consegue se manter vivo.